Keadana sekolah SMA Negeri 3 Jayapura saat ini dalam masa transisi peralihan dari sekolah bertaraf nasional ke sekolah bertaraf Internasional, yang mana pada tahun depan diharapkan pelaksanaan proses pembelajaran semuanya berbasis English it's every day. Sedangkan seluruh staf pengajar baik mata pelajaran umum ataupun spesifik semuanya memiliki daya berbahasa inggris yang handal.